Don Pedro Manso de Zúñiga, Obispo de la Diócesis de Calahorra y La Calzada fue el fundador de esta Abadía. Las monjas cistercienses que lo habitan proceden del Monasterio de Santa María de los Barrios en Abia de las Torres (Palencia), quienes se trasladaron a Santo Domingo de La Calzada en 1610, fecha en la que se inició la construcción del nuevo monasterio hasta que se concluyeron las obras en 1621.

El monasterio dependió de la Abadía de las Huelgas de Burgos hasta la bula de Pío IX en 1873, fecha en la que quedó sometida a la jurisdicción del prelado de la diócesis riojana Calahorra y La Calzada.

La iglesia del monasterio, obra clasicista de los arquitectos Matías de Asteazu y Pedro de la Mata, consta de una sola nave con forma de cruz latina, dividida en capillas por los contrafuertes laterales en donde se sitúan los retablos.

En la capilla mayor se encuentra una magnífica muestra del barroco riojano, un retablo datado a mediados del siglo XVIII, en la hornacina central se sitúa la imagen de Nuestra Señora de la Anunciación.

El sepulcro en alabastro del fundador, Don Pedro Manso de Zúñiga y sus dos sobrinos, también obispos, constituye uno de los elementos artísticos más interesantes de la iglesia, situado a la derecha del retablo mayor nos muestra las esculturas yacentes de los tres obispos ricamente labradas.

El coro bajo situado a los pies de la iglesia ha servido de cementerio hasta 1960, donde reposan más de 200 monjas. Anexo a la iglesia está el claustro del siglo XVII destacando por su austeridad, en línea con la espiritualidad cisterciense.

El monasterio dispone de un albergue gratuito para peregrinos situado en la antigua Casa del Capellán, edificio del siglo XVIII restaurado y acondicionado para compostelanos.

Desde su fundación está habitado por una comunidad de monjas cistercienses.