Die Bögen des Kreuzgangs wurden im Jahre1975 verglast und hergerichtet, um hier das Diözesanmuseum einzurichten, in dem Retabeln, Heiligenfiguren, Goldschmiedearbeiten, Sanktuarien, Kreuzwege usw. aufbewahrt und dem Publikum gezeigt werden. Diese Kunstwerke stammen aus Dörfern der Region La Rioja, die entweder nicht mehr existieren oder nicht über die notwendigen Infrastrukturen verfügen, um diese Schätze sicher in ihren Kirchen verwahren zu können, weshalb sie sie dem Domkapitel zur Aufbewahrung überlassen haben. Das Museum existierte in dieser Art bis zum Jahr 2000, als der Kreuzgang freigeräumt wurde, um Platz zu schaffen für die Ausstellung mit dem Titel La Rioja Tierra Abierta (Die weltoffene Region La Rioja). Nach einer Zeit der Umbauten ist das Museum nun dank der Hilfe der zahlreichen freiwilligen Helfer der Kathedrale wieder für das Publikum geöffnet.